Jokilaakson sairaalan erikoissairaanhoidon palvelut ovat laajat. Sairaalassa tehdään virka-aikoina myös kiireellisiä leikkauksia erityisesti ortopedisille ja gastrokirurgisille potilaille. Jokilaakson sairaalassa tehdään sekä päiväkirurgisia että vaativampia leikkauksia, kuten polvi- ja lonkkatekonivelleikkaukset (ml. uusintaleikkaukset).